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En mi busca rápida de editores de TeX/LaTeX online no encontré ScribTeX, que es posiblemente el mejor de todos esos editores, y sobre el que me llamó la atención JLL en los comentarios.ScribTeX maneja los archivos TeX y LaTeX, con en la codificación UTF8 (siempre he usado LaTeX así ;-)), creando documentos nuevos y pegando el texto en ellos porque su potencia está en que varios usuarios a la vez pueden editar los documentos, y de paso las bibliografías.
Los archivos PDF, EPS, PNG, JPG, etcétera, sí hay que subirlos, de modo que es posible hacer una buena compilación. Supongo que ScribTeX tendrá una instalación tipo texlive, de modo que se puede contar con muchísimos paquetes ya preinstalados, y siempre es posible poner clases nuevas para uso de un archivo concreto simplemente creando los archivos.