Mi herramienta favorita para crear diagramas es OmniGraffle Professional 5, y suelo utilizar esos diagramas en artículos que creo utilizando LaTeX (normalmente, creados con TextMate). En su configuración normal, LaTeX utiliza figuras EPS, mientras que pdfLaTeX permite utilizar directamente imágenes PDF que suelen ser mucho menores.
Cuando hay que enviar un artículo a una revista científica, normalmente tengo que usar LaTeX a secas, y por tanto exportar las imágenes a EPS. Pero si utilizas sombras en OmniGraffle, las sombras pasan como una imagen, no como un efecto vectorial, y ocupan mucho más en la versión PDF… y hacen que OmniGraffle exporte la imagen a EPS como mapa de bits, en lugar de en versión vectorial.
Así que si quieres poder utilizar OmniGraffle, y generar EPS realmente vectoriales, selecciona todos los elementos y elimina las sombras. Aparte de tener un archivo mucho más pequeño, la calidad impresa será mucho mayor al obtener tus datos de forma vectorial.
ps. Supongo que el consejo se puede generalizar a otras herramientas como Microsoft Visio, y similares.